W latach 1917−1922 studiowała w Technikum Artystycznym w Pradze pod kierunkiem profesora Emanuela Dítě w pracowni malarstwa dekoracyjnego. Od samego początku była wyjątkowo wolną i radykalną autorką. Ważnym momentem w jej życiu było spotkanie z jej przyjacielem i najbliższą osobą, malarzem Jindřichiem Štyrskim. W 1923 roku została członkiem grupy Devětsil i Stowarzyszenia Artystów Plastyków Mánes. W 1925 roku wspólnie z Jindřichiem Štyrskim odjechała do Paryża, gdzie wkrótce przedstawili swój własny kierunek artystyczny zwany artyficjalizmem. Kierunek ten oscylował między abstrakcją a surrealizmem, a także inspirował się malarstwem imaginacyjnym. Po powrocie z Francji w 1934 roku założyła razem z Jindřichiem Štyrskim grupę surrealistyczną. Okres wojny spędziła w Pradze. Była zmuszona do nielegalnej pracy bez możliwości wystawiania swoich dzieł. Po wojnie Toyen wyjechała z Czechosłowacji, by uciec przed dyktaturą komunistyczną, i na stałe osiadła w Paryżu. Nadal spotykała się z czołowymi surrealistami, André Bretonem i Benjaminem Péretem, i tworzyła w duchu późnego surrealizmu aż do lat 70. XX wieku.